<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; ">Dear All,</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; ">We are pleased to announce the next SIB Bioinformatics Workshop entitled: "De novo genome assembly - 2011".</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; ">Next generation Sequencing technologies deliver huge amounts of short sequences for a relative low price. The data is frequently of low quality (noise and artifacts) and must be cleaned before usage; the assembly steps are often difficult due to the nature of the sequences (repeats, GC content), the quality of the tools and can be very different with a reference (by mapping) or without a reference (de novo). The final results must be evaluated with various criteria. The aim of the course are: (i) learn how to measure the quality of the data, clean and extract the good information (ii) learn to assemble a genome de novo (without a reference) (e.g., SOAPdenovo, ABySS, Velvet).</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; ">Please note that participants are required to have basic understanding of working with UNIX command line tools on Linux or MacOSX</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; ">The program and registration pages are available at:</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><a href="http://edu.isb-sib.ch/course/view.php?id=91">http://edu.isb-sib.ch/course/view.php?id=91</a></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><a href="http://edu.isb-sib.ch/course/view.php?id=91"></a></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; ">Hope to see you there !</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; "><br></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: monospace; ">Laurent Falquet</span></div><div><br></div><br><div apple-content-edited="true"> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><div>-----------------------------------------</div><div>Dr. Laurent Falquet</div><div>Swiss Institute of Bioinformatics</div><div>Vital-IT</div><div>Génopode, UNIL</div><div>CH-1015 Lausanne, Switzerland</div><div>Tel: +41 21 692 4078</div><div>Fax: +41 21 692 4065</div><div>Email: <a href="mailto:Laurent.Falquet@isb-sib.ch">Laurent.Falquet@isb-sib.ch</a></div><div><a href="http://www.isb-sib.ch">http://www.isb-sib.ch</a></div><div><a href="http://www.vital-it.ch">http://www.vital-it.ch</a></div></div></div></span></div></span></div></span></div></span> </div><br></body></html>